Usando mencoder para hacer una conversión de vídeo me saltaba con el error "mencoder: relocation error: mencoder: symbol codec_wav_tags, version LIBAVFORMAT_52 not defined in file libavformat.so.52 with link time reference".
Así que buscando alguna solución, averiguo que se trata de un bug de la versión que tengo instalada y que afortunadamente la he resuelto instalando mencoder_1.0~rc3++final-0ubuntu3.1_i386.deb que puedes descargar desde aquí:
https://launchpad.net/~falk-t-j/+archive/lucid/+buildjob/1879607
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