fslint es una herramienta que busca los archivos duplicados que tengas en tu ordenador.
Una vez encontrados puedes optar por guardarlos, eliminarlos o combinarlos.
Su interfaz es muy intuitiva y no necesita de mucha aclaración.
Para instalar:
sudo apt-get install fslint
O usa Synaptic o el Centro de Software.
Una vez instalado lo encontrarás en Aplicaciones/Herramientas del Sistema.